能源材料计算软件之微观、介观：GROMACS

       GROMACS是一个用于研究生物分子体系的分子动力学程序，它可以用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。GROMACS具有强大的功能，包括模拟溶液或晶体中的分子、进行分子能量的最小化、分析构象等。它支持基本动力学相关算法，如牛顿力学及随机动力学积分器、能量最小化、正则模式分析等，并且支持温度及压强控制，以及多种几何约束。

       GROMACS的研究范围非常广泛，包括液晶、聚合物、晶体和生物分子溶液等。尤其在生物体系的研究中，如磷脂双分子层生物膜、蛋白质、药物分子等，GROMACS发挥了重要作用。此外，由于它能够非常快速地计算非键作用，GROMACS也适用于非生物体系，如一些有机物、无机物等的模拟研究。

        在使用GROMACS进行模拟时，用户需要创建输入文件，设置模拟系统，设定模拟参数，然后运行模拟，最后使用GROMACS提供的分析工具来分析并可视化模拟结果。这些步骤涉及GROMACS自带的工具，如pdb2gmx用于转换分子结构文件，以及grompp和mdrun用于预处理和运行模拟等。

        请注意，使用GROMACS需要一定的计算机编程和分子动力学模拟知识。如果你是初学者，建议查阅相关的教程和文档，或者参加相关的培训课程，以更好地理解和使用这个强大的分子动力学模拟软件。以下GROMACS基本教程及视频，赶紧学习起来吧！

​GROMACS基本教程：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/493434020

视频教程：GROMACS 精品全系列

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